国民医療の質的向上を図る目的で、医師と薬剤師がそれぞれの専門分野で業務を分担すること。
より具体的には医薬分業により、薬局の薬剤師が患者の状態や服用薬を一元的・継続的に把握し、処方内容をチェックすることにより、複数診療科受診による重複投薬、相互作用の有無の確認や、副作用・期待される効果の継続的な確認ができ、薬物療法の安全性・有効性が向上すること、また後発医薬品の使用促進や、薬剤師の在宅医療への積極的な取り組み、もっぱら医学的観点からの処方の推進が図られることによる医療保険財政の効率化などの効果が期待されている。